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Martin Diehl
parent
d9adc2f403
commit
0ad189ea9d
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@ -1,184 +0,0 @@
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#!/usr/bin/env python3
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import os
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import sys
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from optparse import OptionParser
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import numpy as np
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from PIL import Image
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import damask
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scriptName = os.path.splitext(os.path.basename(__file__))[0]
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scriptID = ' '.join([scriptName,damask.version])
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# --------------------------------------------------------------------
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# MAIN
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# --------------------------------------------------------------------
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parser = OptionParser(option_class=damask.extendableOption, usage='%prog options [file[s]]', description = """
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Generate PNG image from data in given column (or 2D data of overall table).
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""", version = scriptID)
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parser.add_option('-l','--label',
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dest = 'label',
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type = 'string', metavar = 'string',
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help = 'column containing data [all]')
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parser.add_option('-r','--range',
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dest = 'range',
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type = 'float', nargs = 2, metavar = 'float float',
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help = 'data range (min max) [auto]')
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parser.add_option('--gap', '--transparent',
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dest = 'gap',
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type = 'float', metavar = 'float',
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help = 'value to treat as transparent [%default]')
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parser.add_option('-d','--dimension',
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dest = 'dimension',
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type = 'int', nargs = 2, metavar = 'int int',
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help = 'data dimension (width height) [native]')
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parser.add_option('--color',
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dest = 'color',
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type = 'string', metavar = 'string',
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help = 'color scheme [%default]')
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parser.add_option('--invert',
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dest = 'invert',
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action = 'store_true',
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help = 'invert color scheme')
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parser.add_option('--abs',
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dest = 'abs',
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action = 'store_true',
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help = 'magnitude of values')
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parser.add_option('--log',
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||||||
dest = 'log',
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action = 'store_true',
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help = 'log10 of values')
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parser.add_option('--fliplr',
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dest = 'flipLR',
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||||||
action = 'store_true',
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help = 'flip around vertical axis')
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parser.add_option('--flipud',
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||||||
dest = 'flipUD',
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||||||
action = 'store_true',
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||||||
help = 'flip around horizontal axis')
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parser.add_option('--crop',
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||||||
dest = 'crop',
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type = 'int', nargs = 4, metavar = 'int int int int',
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help = 'pixels cropped on left, right, top, bottom')
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parser.add_option('-N','--pixelsize',
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dest = 'pixelsize',
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||||||
type = 'int', metavar = 'int',
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||||||
help = 'pixel per data point')
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||||||
parser.add_option('-x','--pixelsizex',
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||||||
dest = 'pixelsizex',
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||||||
type = 'int', metavar = 'int',
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||||||
help = 'pixel per data point along x')
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||||||
parser.add_option('-y','--pixelsizey',
|
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||||||
dest = 'pixelsizey',
|
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||||||
type = 'int', metavar = 'int',
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||||||
help = 'pixel per data point along y')
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||||||
parser.add_option('--show',
|
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||||||
dest = 'show',
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||||||
action = 'store_true',
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help = 'show resulting image')
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parser.set_defaults(label = None,
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range = [0.0,0.0],
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gap = None,
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dimension = [],
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abs = False,
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log = False,
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flipLR = False,
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flipUD = False,
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color = "gray",
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invert = False,
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crop = [0,0,0,0],
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pixelsize = 1,
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pixelsizex = 1,
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pixelsizey = 1,
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show = False,
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)
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(options,filenames) = parser.parse_args()
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if filenames == []: filenames = [None]
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if options.pixelsize > 1: (options.pixelsizex,options.pixelsizey) = [options.pixelsize]*2
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# --- color palette ---------------------------------------------------------------------------------
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theMap = damask.Colormap(predefined = options.color)
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if options.invert: theMap = theMap.invert()
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theColors = np.uint8(np.array(theMap.export(format = 'list',steps = 256))*255)
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# --- loop over input files -------------------------------------------------------------------------
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for name in filenames:
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try:
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table = damask.ASCIItable(name = name, labeled = options.label is not None, readonly = True)
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except IOError:
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continue
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damask.util.report(scriptName,name)
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# ------------------------------------------ read header ------------------------------------------
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table.head_read()
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# ------------------------------------------ process data ------------------------------------------
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missing_labels = table.data_readArray(options.label)
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if len(missing_labels) > 0:
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damask.util.croak('column {} not found.'.format(options.label))
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table.close(dismiss = True) # close ASCIItable and remove empty file
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continue
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||||||
# convert data to values between 0 and 1 and arrange according to given options
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||||||
if options.dimension != []: table.data = table.data.reshape(options.dimension[1],options.dimension[0])
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||||||
if options.abs: table.data = np.abs(table.data)
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||||||
if options.log: table.data = np.log10(table.data);options.range = np.log10(options.range)
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||||||
if options.flipLR: table.data = np.fliplr(table.data)
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||||||
if options.flipUD: table.data = np.flipud(table.data)
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mask = np.logical_or(table.data == options.gap, np.isnan(table.data))\
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||||||
if options.gap else np.logical_not(np.isnan(table.data)) # mask gap and NaN (if gap present)
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||||||
if np.all(np.array(options.range) == 0.0):
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options.range = [table.data[mask].min(),
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table.data[mask].max()]
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||||||
damask.util.croak('data range: {0} – {1}'.format(*options.range))
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delta = max(options.range) - min(options.range)
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avg = 0.5*(max(options.range) + min(options.range))
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if delta * 1e8 <= avg: # delta around numerical noise
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options.range = [min(options.range) - 0.5*avg, max(options.range) + 0.5*avg] # extend range to have actual data centered within
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table.data = (table.data - min(options.range)) / \
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||||||
(max(options.range) - min(options.range))
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||||||
table.data = np.clip(table.data,0.0,1.0).\
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||||||
repeat(options.pixelsizex,axis = 1).\
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||||||
repeat(options.pixelsizey,axis = 0)
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||||||
mask = mask.\
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||||||
repeat(options.pixelsizex,axis = 1).\
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||||||
repeat(options.pixelsizey,axis = 0)
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(height,width) = table.data.shape
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damask.util.croak('image dimension: {0} x {1}'.format(width,height))
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im = Image.fromarray(np.dstack((theColors[np.array(255*table.data,dtype = np.uint8)],
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255*mask.astype(np.uint8))), 'RGBA').\
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crop(( options.crop[0],
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options.crop[2],
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width -options.crop[1],
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height-options.crop[3]))
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# ------------------------------------------ output result -----------------------------------------
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||||||
im.save(sys.stdout if not name else
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os.path.splitext(name)[0]+ \
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('' if options.label is None else '_'+options.label)+ \
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'.png',
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format = "PNG")
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table.close() # close ASCII table
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if options.show: im.show()
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@ -1,134 +0,0 @@
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#!/usr/bin/env python3
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import os
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import sys
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from optparse import OptionParser
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import numpy as np
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from PIL import Image
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import damask
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||||||
scriptName = os.path.splitext(os.path.basename(__file__))[0]
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scriptID = ' '.join([scriptName,damask.version])
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# --------------------------------------------------------------------
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# MAIN
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# --------------------------------------------------------------------
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parser = OptionParser(option_class=damask.extendableOption, usage='%prog options [file[s]]', description = """
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Generate PNG image from data in given column vector containing RGB tuples.
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""", version = scriptID)
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||||||
parser.add_option('-l','--label',
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||||||
dest = 'label',
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||||||
type = 'string', metavar = 'string',
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||||||
help = 'column containing RGB triplet')
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||||||
parser.add_option('-d','--dimension',
|
|
||||||
dest = 'dimension',
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||||||
type = 'int', nargs = 2, metavar = 'int int',
|
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||||||
help = 'data dimension (width height)')
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||||||
parser.add_option('--fliplr',
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||||||
dest = 'flipLR',
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||||||
action = 'store_true',
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||||||
help = 'flip around vertical axis')
|
|
||||||
parser.add_option('--flipud',
|
|
||||||
dest = 'flipUD',
|
|
||||||
action = 'store_true',
|
|
||||||
help = 'flip around horizontal axis')
|
|
||||||
parser.add_option('--crop',
|
|
||||||
dest = 'crop',
|
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||||||
type = 'int', nargs = 4, metavar = ' '.join(['int']*4),
|
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||||||
help = 'pixels cropped on left, right, top, bottom')
|
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||||||
parser.add_option('-N','--pixelsize',
|
|
||||||
dest = 'pixelsize',
|
|
||||||
type = 'int', metavar = 'int',
|
|
||||||
help = 'pixels per data point')
|
|
||||||
parser.add_option('-x','--pixelsizex',
|
|
||||||
dest = 'pixelsizex',
|
|
||||||
type = 'int', metavar = 'int',
|
|
||||||
help = 'pixels per data point along x')
|
|
||||||
parser.add_option('-y','--pixelsizey',
|
|
||||||
dest = 'pixelsizey',
|
|
||||||
type = 'int', metavar = 'int',
|
|
||||||
help = 'pixels per data point along y')
|
|
||||||
parser.add_option('--show',
|
|
||||||
dest = 'show',
|
|
||||||
action = 'store_true',
|
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||||||
help = 'show resulting image')
|
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||||||
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||||||
parser.set_defaults(label = None,
|
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||||||
dimension = [],
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||||||
flipLR = False,
|
|
||||||
flipUD = False,
|
|
||||||
crop = [0,0,0,0],
|
|
||||||
pixelsize = 1,
|
|
||||||
pixelsizex = 1,
|
|
||||||
pixelsizey = 1,
|
|
||||||
show = False,
|
|
||||||
)
|
|
||||||
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||||||
(options,filenames) = parser.parse_args()
|
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||||||
if filenames == []: filenames = [None]
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||||||
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||||||
if options.dimension == []: parser.error('dimension of data array missing')
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||||||
if options.pixelsize > 1: (options.pixelsizex,options.pixelsizey) = [options.pixelsize]*2
|
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||||||
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||||||
# --- loop over input files -------------------------------------------------------------------------
|
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||||||
for name in filenames:
|
|
||||||
try:
|
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||||||
table = damask.ASCIItable(name = name, labeled = options.label is not None, readonly = True)
|
|
||||||
except IOError:
|
|
||||||
continue
|
|
||||||
damask.util.report(scriptName,name)
|
|
||||||
|
|
||||||
# ------------------------------------------ read header ------------------------------------------
|
|
||||||
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||||||
table.head_read()
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||||||
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||||||
# ------------------------------------------ process data ------------------------------------------
|
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||||||
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||||||
errors = []
|
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||||||
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||||||
missing_labels = table.data_readArray(options.label)
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||||||
if len(missing_labels) > 0:
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||||||
errors.append('column{} {} not found'.format('s' if len(missing_labels) > 1 else '',
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||||||
', '.join(missing_labels)))
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||||||
if table.label_dimension(options.label) != 3:
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||||||
errors.append('column {} does not have dimension'.format(options.label))
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||||||
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||||||
if errors != []:
|
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||||||
damask.util.croak(errors)
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|
||||||
table.close(dismiss = True) # close ASCII table file handles and delete output file
|
|
||||||
continue
|
|
||||||
# convert data to shape and arrange according to given options
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|
||||||
if options.dimension != []: table.data = table.data.reshape(options.dimension[1],options.dimension[0],3)
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|
||||||
if options.flipLR: table.data = np.fliplr(table.data)
|
|
||||||
if options.flipUD: table.data = np.flipud(table.data)
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|
||||||
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||||||
table.data = table.data.repeat(options.pixelsizex,axis=1).\
|
|
||||||
repeat(options.pixelsizey,axis=0)
|
|
||||||
|
|
||||||
table.data *= 1. if np.any(table.data > 1.0) else 255.0 # ensure 8 bit data range
|
|
||||||
|
|
||||||
(height,width,bands) = table.data.shape
|
|
||||||
damask.util.croak('image dimension: {0} x {1}'.format(width,height))
|
|
||||||
|
|
||||||
im = Image.fromarray(table.data.astype('uint8'), 'RGB').\
|
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||||||
crop(( options.crop[0],
|
|
||||||
options.crop[2],
|
|
||||||
width -options.crop[1],
|
|
||||||
height-options.crop[3]))
|
|
||||||
|
|
||||||
# ------------------------------------------ output result -----------------------------------------
|
|
||||||
|
|
||||||
im.save(os.path.splitext(name)[0]+ \
|
|
||||||
('_'+options.label if options.label else '')+ \
|
|
||||||
'.png' if name else sys.stdout,
|
|
||||||
format = "PNG")
|
|
||||||
|
|
||||||
table.close() # close ASCII table
|
|
||||||
if options.show: im.show()
|
|
||||||
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